L'ensemble des projets de financement, re-financement et désinvestissement de ISAI sont présentés au Comité d'Investissement composé de représentants des principaux investisseurs (institutionnels et entrepreneurs) du Fonds. Le Comité d'Investissement est à la fois reserré et constitué de profils complémentaires dans les points de vue apportés.
De façon plus large, le Comité d'Investissement participe à la gouvernance du fonds ISAI notamment en matière de gestion des conflits d'intérêts.